สุคนธ์ กาญจนาลัย รับราชการในสังกัดกระทรวงพาณิชย์ เคยได้รับแต่งตั้งเป็นอธิบดีกรมพาณิชย์สัมพันธ์ อธิบดีกรมทะเบียนการค้า และอธิบดีกรมเศรษฐกิจการพาณิชย์ ต่อมาได้รับแต่งตั้งเป็นที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี (นายบรรหาร ศิลปอาชา) ในปี พ.ศ. 2538 และเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงพาณิชย์ ในรัฐบาลนายบรรหาร ศิลปอาชา

สุคนธ์ กาญจนาลัย ได้รับแต่งตั้งเป็นสมาชิกวุฒิสภา ในปี พ.ศ. 2539[2] ในวุฒิสภาไทย ชุดที่ 7